当院は、平成１６年４月１日より独立行政法人国立病院機構となり、国立京都病院から独立行政法人国立病院機構京都医療センターに名称が変更となりました。独立行政法人となりましても、これまでと変わらず患者様に満足していただけるよう診療機能の充実と患者サービスに努めてまいります。
当院の特色としては、内分泌・代謝疾患の高度専門医療施設、成育医療の基幹医療施設、がん・循環器・腎及び感覚器疾患の専門医療施設、その他の政策医療としてエイズ治療、国際医療協力施設として位置付けされています。
また、これらの政策医療の実施とともに高度で総合的な医療機能等を整えた施設（高度総合医療施設）にも指定されています。
政策医療の実施にあたっては、診療のみならず、臨床研究、教育研修、情報発信の機能と一体となった医療提供体制を整え、地域の医療機関との密接な協力のもとに、今後ともきめ細やかな医療を提供し、その使命を果たしてまいります。